税は利益にかかって、利益は売上−経費...だよね？

とりあえず援助を受けていたサーバから旧サーバに戻るという事で作業中です。
旧友の紹介で新々サーバの目処もつきそうですが、援助サーバの打ち切りに間に合わないので、とりあえず撤退中。
撤退期限を過ぎてもサーバは解約されないですが、過ぎた分の費用は援助元から請求が来るという事になっています。
でも、その請求に関して、最初その話が来た時は万策を尽くしてのサーバ維持に全力を傾けていたので、疑問に思わなかったんだけど、後で考え直してみると???な事が。

詳しい方、教えていただけませんか？

援助元の社長曰く、援助元がサーバ契約を続けて、その費用を私に請求するという事になると、それは会社としての売上になるので、半分近くが税金として国に持っていかれてしまう。
だから、月々のサーバ代金は1万円でも、私への請求は2万円にしないと、計算が合わなくなる、という事でした。
その時はそういうもんなのか、と聞いちゃったんだけど、後でよくよく考えてみると、私レベルの財務・経済の知識だとよくわからなくなってしまった。

税金って、売上じゃなくて利益にかかるんですよね？
私の支払う額が売上になるのは正しいとしても、その対価となっているサーバのレンタル費用は経費、というか材料費に計上されるはずなので、その取引では経費サーバ代金1万円、売上私からの入金1万円で、利益0になるはずだから税金はかからないんじゃないの？

もちろん、普通に利益を出している会社なら、出金が変わらずそこに1万円の売上増になれば、それはそのまま利益になるので半額税で持っていかれて5000円しか税引後に残らないのは判る。
でも、それは対価となるサーバ代金側の出金を考慮していないからで、そのサーバ代金は今まで無償で払っていただいていたわけだけど、でもそれを支払うことにより、援助元の利益は1万円分減って、そのため5000円の節税効果が出ていたんだと思うんだけど。
それが今回サーバ代金に関しては私から業者まで代金をスルーするだけになったので、5000円が税金として取られるのは、私の1万円の支払いから税で取られるわけじゃなくて、これまで援助を行っていたことによる節税効果がなくなっただけの事だと思えるんだけど。
この理解、間違ってますでしょうか？

もしかしたら、もっといろいろ考えないといけないことがあるのかもしれません…もうすぐ上場すると噂の中堅会社の社長の言われる事ですし、私の知らない事いっぱい知っておられそうですし。
また、もし私の方が正しくて、社長の言われた事が間違いだったとしても、期待に応えられずにこれまで20万円近い損害を与えたわけですし、またスルーするだけといってもいろいろ諸経費や人件費はかかるわけですし、何より移転が遅れたって1ヶ月かそこらの事なので、せっかく今まで援助していただいた感謝もある事なので、特に指摘してわいわい言う気はないのですが、
ただ、自分の理解が正しいかどうか確認したくて、書いてみました。

どっちの理解が正しいんですかね？